用专利法保护计算机软件，有以下三个优点：

第一，专利法保护计算机软件创造性方法，及计算机软件所特有的源代码。

源代码也称源程序，是计算机软件开发者创造的一种特有的书写计算机程序的语言，只要掌握源代码则可对软件开发者的现有软件进行任意的修改，使之成为另一个表现形式不同的软件。

由于版权法保护表现方式不同的作品，则非法取得软件开发者源代码而较轻易改编成的其他软件很可能受到版权法的保护，这对软件的开发者是很不公平的，但专利法保护，软件开发者创作的源代码，则非法改编成的计算机软件是不受保护的，故在这一点上，专利法保护计算机软件优于版权法的保护。

第二，专利法对计算机软件的保护程度高。

专利保护具有强烈的独占性、垄断性，一旦计算机软件被授予专利权后，其他相同或相似的软件就再也不能取得专利权。这对强调保护所谓计算机软件思想即软件构思技巧、技术方法的计算机软件开发者是十分重要的。

第三，专利权保护计算机软件的期限比较合理。

专利法对发明的保护期限为20年，明显低于版权法的国际通例——作者有生之日加死后50年（《伯尼公约》）或25年（《世界版权公约》），这比较接近计算机软件的实际经济寿命，且有利于推动科学的进步。